Le origini di Cetara risalgono all’Alto Medioevo. Durante l'Evo Antico il suo territorio, quasi completamente disabitato, apparteneva alla giurisdizione della città etrusca di Marcina, l’attuale Vietri sul Mare. L’insediamento marinaro si costituì costituirsi nella seconda metà del IX secolo, su iniziativa di una colonia di Saraceni, cacciati poi verso la fine del secolo. Nel 1030 i cetaresi pagavano lo ius piscariae all’arcivescovo di Amalfi, mentre nel 1120 il duca Guglielmo assegnava al monastero benedettino della vicina Erchie il diritto alla riscossione della decima che si pagava per l'attività della pesca nel mare di Cetara. Nel Medioevo la parte orientale del territorio di Cetara apparteneva al principato longobardo di Salerno, mentre quella occidentale era nel tenimento del ducato romanico-bizantino di Amalfi. La rada di Cetara era in diretto contatto con il porto classico di Fonti, dove ancoravano le navi della Badia di Cava de' Tirreni.

I cetaresi, come tutti gli abitanti del ducato di Amalfi, partecipavano alle attività marittime e commerciali del piccolo Stato costiero. Nel maggio del 1534 subì l’attacco dei turchi che guidati da Sinan Pascià prelevarono trecento abitanti come schiavi mentre molti altri abitanti furono uccisi e altri ripararono a Napoli.

Dopo la nascita della Repubblica Partenopea nel 1799, fu protagonista con la sua flotta di una battaglia contro la flotta francese che appoggiava i giacobini napoletani. L’1 gennaio del 1834, dopo secoli di liti e contese, Cetara fu elevata con regio decreto a Comune con amministrazione indipendente da Vietri.